Иван Вачков е роден през 1973 г. в гр. Варна. Завършва медицина в Медицински университет - Варна през 2002 г. От 2004 до 2008 г. е докторант в Университета на Каназава, Каназава, Япония. Защитава дисертация на тема "Потискане на аксоналния растеж в туморна среда: роля на семафорините от клас III". При завръщането си в България работи за кратко като хоноруван преподавател в Катедрата по биология на Медицински университет - Варна, след което прави две постдокторски специализации в Университет Помпеу Фабра, Барселона, Испания и Макс Планк Институт по биофизична химия, Гьотинген, Германия. От 2015 година е асистент, а от 2021 година - главен асистент в Катедрата по биология на Медицински университет - Варна. Има 5 научни публикации в международни списания с общ импакт фактор над 15.