През последните години научноизследователската дейност в Катедрата по микробиология и вирусология се провежда в координация с Лабораторията по клинична микробиология и вирусология в УМБАЛ „Света Марина" – Варна.
Основните научни проучвания са в следните области:
- разпространението на вирусни и бактериални инфекции в Североизточна България;
- ролята на инфекциозните патогени при рискови пациенти под имуносупресия и след трансплантация на органи;
- мониторинг и механизми на антибактериалната резистентност;
- етиологичен спектър на вътреболничните инфекции.
Членовете на катедрата имат публикувани 37 научни разработки в български и чуждестранни списания, а участията им в научни форуми в страната и чужбина са 32. Разработени са 3 национални и 3 университетски научни проекта. Осъществени са 3 творчески специализации в чужбина.